| aboutAction | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| aboutAction2 (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| addAction | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| addAction2 (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| addAction3 (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| backAction | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| backAction2 (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| canResize (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | |
| checkCurves(final String pos) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| clearStatusBar() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| convertX(long X, int line, int offset, int width) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| convertX(double X, int line, int offset, int width) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| cuready (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | |
| debugAction (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [static] |
| debugComm (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [static] |
| debugException (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [static] |
| debugInit (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [static] |
| debugProgress (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [static] |
| detailsAction | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| detailsAction2 (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| disableGUI() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| enableGUI() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| enablePrinting(boolean key) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| forwardAction | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| forwardAction2 (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| freezeCounters(boolean f) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| geneSearchPanel (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | |
| getAddAction() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getBaseGenome() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getBG() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getCalcWindow() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getChrom(String posString) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getChrom() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getChromSize(final String chr) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getChromSize() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getCommUnit() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getConnection() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getConsIdentity() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
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| getDataInterval() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getDefaultGenes() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getDetailsAction() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getDialogElement(String name) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
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| getErrorHandler() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getGenesInfo() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
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| getImage(String name) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getInputStream() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getMaxX(String posString) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getMaxX() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getMaxX(int i) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getMaxY() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getMaxY(CurveInfo curve) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getMinX(String posString) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getMinX() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getMinX(int i) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getMinY() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getMinY(CurveInfo curve) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getNewHeight() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
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| getNumDataPoints() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getOutputStream(String type) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getParam(String parName, String defValue) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getParam(String parName, int defValue) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getPos() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getPositionString() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getPostHeader() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getRandomString(int length) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline, static] |
| getRemoveAction() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
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| getSelectedOrg() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getSettingsAction() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getShow() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getStatAction() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getSwapCurvesAction() (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getTextbrowserURL() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| getVersion() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| helpAction | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| helpAction2 (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| init() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| isChrom() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
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| legend (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [static] |
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| pageFormat (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | |
| pageSetupAction | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| pageSetupAction2 (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| paper (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | |
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| printAction2 (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| printerSetupAction | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| printJob (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | |
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| RELEASE_DATE (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [static] |
| removeAction | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| removeAction2 (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| resetConnection() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
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| resource | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | |
| run() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| saveAsAction | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| saveAsAction2 (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| scrollBackwardAction | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| scrollBackwardAction2 (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| scrollbar (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | |
| scrollForwardAction | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| scrollForwardAction2 (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| setBaseGenome(GenomeInfo baseGenome) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| setChrom(String chr) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| setDangerous(boolean d) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| setDebugLevel(String dLevel) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline, static] |
| setDetailsActionEnabled(boolean flag) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| setForwardBackBtns() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| setNewHeight(int nh) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| setNewSize(int width, int height) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| setNewWidth(int nw) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| setOrgLabel(int org) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| setParam(String param, Object val) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| setPositionString(String chr, String min, String max) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| setPositionString(String string) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| setReady(boolean f) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| setSettingsVisible(boolean b) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| settingsAction | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| settingsAction2 (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| setUCSCActionTip(String tip) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| started (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | |
| startProgress(final String desc) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| statAction | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| statAction2 (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| stopProgress() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| swapCurves() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| swapCurvesAction | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| testPosition(int minx, int maxx) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| ucscAction | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| ucscAction2 (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| upDate() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| updateContig(String s) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| updateCurrPosition(String s) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| updatePosition() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| updatePosition(long minX, long maxX) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| updatePosition(String position) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| updatePosition(String chrom, long minX, long maxX) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| useParameters (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | |
| va (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| VistaApp() | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| windowActivated(WindowEvent e) (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| windowClosed(WindowEvent e) (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| windowClosing(WindowEvent e) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| windowDeactivated(WindowEvent e) (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| windowDeiconified(WindowEvent e) (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| windowIconified(WindowEvent e) (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| windowOpened(WindowEvent e) (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [inline] |
| zoomInAction | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| zoomInAction2 (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| zoomOutAction | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
| zoomOutAction2 (defined in gov::lbl::genome::gui::VistaApp) | gov::lbl::genome::gui::VistaApp | [package] |
